Das oberste Organ ist die Delegiertenversammlung, welche einmal jährlich tagt. Der Verbandsvorstand, welchem der Präsident vorsteht, leitet Braunvieh Schweiz auf der strategischen Ebene. Auf der operativen Ebene steht der Direktor dem Verband vor. Er wird unterstützt vom Vizedirektor und den Fachbereichsleitern. Insgesamt sind am Verbandssitz in Zug rund 40 Mitarbeitende inkl. Aussendienst (wovon viele in Teilzeitanstellungen) tätig.