Génomique

Génomique

Grâce à la sélection génomique, il est possible de calculer la valeur d’élevage (VE) d’un caractère directement sur la base du patrimoine héréditaire, respectivement du génome d’un animal. Ceci est possible grâce aux SNP (= paires de base d’un brin ADN) qui sont répartis régulièrement sur l’ensemble du génome d’un animal.

Il existe des milliers de marqueurs, appelés SNP, sur le matériel génétique. Ceux-ci peuvent être déterminés en laboratoire. Il en a été de même pour de nombreux taureaux qui ont déjà été testés par la descendance. Ces taureaux représentent la population de référence. Sur la base de cette population de référence, l’expression des marqueurs qui nous intéressent est comparée aux valeurs d’élevage sûres. Ce processus est appelé estimation des effets. Sur la base des effets des marqueurs individuels, une valeur d’élevage, appelée valeur d’élevage génomique directe (VEGD), peut être estimée. Pour obtenir un degré de certitude plus élevé, les valeurs d’élevage des parents sont incluses. Il s’agit de la valeur d’élevage génomiquement optimisée (VEGO).

La déclaration des VEGO varie suivant les VE qui ont été combinées avec les VEGD :

VEGD + valeur d’élevage ascendance GA
VEGD + valeur d’élevage CH G
VEGD + valeur d’élevage Interbull GI

 

VEGO valeur d’élevage génomiquement optimisée
VEGD valeur d’élevage génomique directe
GA valeur d’élevage génomique directe (VEGD) combinée à la valeur d’élevage traditionnelle basée sur l’ascendance
G VE génomiquement optimisée à partir de la combinaison de la VEGD et la VE Suisse
GI VE génomiquement optimisé à partir de la combinaison de la VEGD et la VE d’Interbull

 

Puce SWISScow développée par Qualitas

Aujourd’hui, le typage SNP est effectué au laboratoire de l’IFN à Berlin à l’aide d’une puce SNP nouvellement développée par Qualitas et ses partenaires et optimisée pour les races suisses. Il s’agit du SWISScow Custom 300k Array. Un grand avantage de la nouvelle puce est que tous les tests monogéniques pertinents pour la BS et l’OB sont inclus sans frais supplémentaires (absence de cornes, kappa-caséine, bêta-caséine A2, toutes les tares héréditaires, y compris le nouvel haplotype original 1).

-Thomas Heusser, Buch b. Frauenfeld TG-
«Nous recevons des informations importantes pour l'accouplement de nos animaux.»

Vos avantages

  • Grâce à la sélection plus sévère, vous profitez d’un meilleur progrès zootechnique des animaux.
  • Grâce à un intervalle de génération raccourci, le progrès de l’élevage des taureaux est accru.
  • Les jeunes taureaux présentent avec une bonne certitude déjà des valeurs d’élevage pour presque tous les caractères.
  • Les valeurs d’élevage génomiques des mères à taureau effectives et potentielles sont utiles et sont considérées par les organisations d’IA au choix de ces bêtes.
  • Le typage génomique permet de déterminer toutes les tares héréditaires connues ainsi que les marqueurs génétiques tels que la kappa-caséine, la bêta-caséine A2 ou l’absence de cornes.

Echantillonnage

L’échantillon pour le test peut être réalisé au moyen d’une carte de poils ou d’une marque auriculaire pour le prélèvement de tissu.

Pour l’échantillon de poils, 50 à 100 cheveux avec racines doivent être prélevés à la base de la queue. Pour assurer un traitement rationnel, les échantillons doivent être étiquetés avec l’étiquette BDTA. Le formulaire de commande est imprimé via BrunaNet et joint à l’échantillon de poils. Vous trouverez des instructions détaillées sur la manière de prélever l’échantillon et de créer le bon de commande dans la rubrique A télécharger.

La marque auriculaire pour le prélèvement de tissus permet le marquage de l’animal et le prélèvement du tissu en une seule étape. Sur la base du tissu, le laboratoire peut analyser les SNP et calculer les valeurs d’élevage génomiques. L’un des avantages de la marque auriculaire en tissu est que le génotypage classique ne nécessite plus l’entrée de la commande via BrunaNet. Le matériel d’échantillonnage peut être envoyé à Qualitas SA avec les enveloppes à bulles qui sont jointes aux marques auriculaires. Les marques auriculaires pour le prélèvement de tissu peuvent être commandée via Identitas SA de la même manière que pour les marques auriculaires classiques.

Tarifs évaluation des valeurs d'élevage génomiques

Utilisez la sélection génomique pour faire avancer votre élevage!

Dates de publication

12.10.202126.10.2021
09.11.202123.11.2021
14.12.202123.12.2021
11.01.202225.01.2022
08.02.202222.02.2022
08.03.202222.03.2022
12.04.202226.04.2022
10.05.202224.05.2022
14.06.202228.06.2022
12.07.202226.07.2022
16.08.202230.08.2022
13.09.202227.09.2022
11.10.202225.10.2022
08.11.202222.11.2022
13.12.202222.12.2022 (Donnerstag)

Marqueurs génétiques

Braunvieh Schweiz indique le statut des tares héréditaires des animaux sur leur certificat d’ascendance et de performance ou sur d’autres documents du herd-book. La déclaration de tares héréditaires se fait conformément aux décisions prises par l’Association des éleveurs de la race Brune. Elle est concertée au niveau international et est également appliquée de la même manière dans les autres pays de race Brune. Les taureaux prévus pour l’utilisation IA doivent être testés sur l’ensembles des tares héréditaires connues. Les taureaux identifiés comme porteurs de l’arachnomélie ne peuvent pas être utilisés.

Déclaration des tares héréditaires

Les lettres suivantes sont utilisées pour les tares héréditaires connues. Les premières deux lettres désignent la tare héréditaire et la dernière lettre le statut (C = carrier = porteur), (F = free = non porteur de tare).

Tare héréditaire Désignation non porteur Désignation porteur
Arachnomélie ARF ARC
SMA SMF SMC
SDM SDF SDC
Weaver WEF WEC
BH2 B2F B2C
FH2 F2F F2C
OH1 O1F O1C

 

Les tares héréditaires susmentionnées sont toutes transmises comme récessives, à savoir qu’un animal tombe uniquement malade s’il a reçu le gène de tare héréditaire du père et de la mère. Braunvieh Schweiz recommande d’éviter les accouplements à risque. On entend par cela des accouplements où le taureau d’insémination et l’animal à inséminer sont des porteurs de tares. Par le typage SNP avec le chip LD, une déclaration peut être faite sur l’ensemble des tares héréditaires.

Les porteurs homozygotes d’un défaut héréditaire sont marqués d’un S (pour sûr) (par exemple B2S). Pour l’éleveur, ce cas particulier n’a aucune importance, car ces animaux – s’ils sont viables – ne sont pas utilisés pour l’élevage.

Les lettres suivantes sont utilisées pour les animaux sans cornes:

Absence de cornes Statut Déclaration
Autodéclaration sans cornes POR (polled reported)
Test génétique sans cornes hétérozygote POC (polled carrier)
sans cornes homozygote POS (true polled)
avec cornes homozygote POF (polled free)

 

Si un animal a été identifié par sélection génomique comme porteur d’une cinte ou Blüem, il est noté comme suit.

Marque Statut Déclaration
Cinte porteur hétérozygote GUC
porteur homozygote GUS
Blüem porteur hétérozygote BMC
porteur homozygote BMS

Description des tares héréditaires

L’arachnomélie est aussi connue sous le nom de veau araignée. Les veaux en question sont mort-nés ou périssent peu de temps après la naissance. Leurs canons sont minces, trop longs et cassent facilement. Les articulations sont déformées et souvent raidies. Le front dispose d’un creux, et la mâchoire inférieure est raccourcie. Dans la race Brune, cette tare a été propagée par Beautician.

SDM est pour le moment utilisé, dans la race Brune, pour désigner la démyélinisation spinale (SDM). Les veaux touchés restent couchés dès la naissance, en général en position latérale, et souvent avec des membres tendus. La tête est penchée en arrière, la nuque est raide. Etant donné que les veaux touchés ne réagissent à aucun traitement, ils périssent au cours de la première semaine de vie ou ils sont euthanasiés. SDM remonte au taureau Elegant.

AMS est l’abréviation d’atrophie musculaire spinale. Les veaux touchés sont d’abord en bonne santé. C’est seulement à l’âge de 3 à 5 semaines que les premières paralysies se manifestent et que les veaux ne peuvent plus se lever. L’atrophie musculaire se manifeste notamment dans les cuisses avant que la toux et des problèmes de respiration s’y ajoutent. Les veaux SMA dépassent rarement l’âge de 2 mois. SMA remonte au taureau Destiny. Chez nous, cette tare a notamment été propagée par Delegate, Matthew, Improver et Jetway.

Weaver ne se manifeste qu’au moment où les animaux ont atteint la maturité sexuelle ou qu’ils sont déjà portants. Les animaux concernés présentant une démarche peu sûre, et ils maigrissent notamment à l’arrière-train. Le Weaver a été propagé par les taureaux Target et Matthew.

BH2 est l’abréviation pour race Brune haplotype 2. Les animaux touchés sont généralement mort-nés ou périssent peu de temps après la naissance. Les animaux testés positifs comme porteurs de BH2 sont indiqués avec l’abréviation B2C.

FH2 est l’abréviation pour Fleckvieh haplotype 2. Il s’agit d’une tare héréditaire ancienne qui survient tant dans la population Fleckvieh que dans la population OB. Les animaux touchés présentent une croissance réduite peu après leur naissance et ne sont pas capables de survivre à moyen terme. Les animaux OB et ROB porteurs de FH2 sont indiqués avec l’abréviation F2C.

OH1 est l’abréviation pour haplotype 1 chez la Brune originale. OH1 est une tare héréditaire qui se trouve chez les Brunes originales. Les animaux atteints présentent une déficience visuelle plus ou moins prononcée. Le défaut visuel n’est parfois remarqué que lorsque l’animal est déjà un peu plus âgé. Chez les Brown Swiss, l’OH1 n’est présent qu’à une très basse fréquence et n’est donc publié que pour les animaux OB et ROB.